Digimon Story Cyber Sleuth Hacker's memory é outro mangá one-shot de Digimon. Assim como o mangá antecessor, foi lançado para promover o jogo homônimo. Assim como é com o jogo, o mangá Hacker's Memory conta uma história paralela ao eventos de Cyber Sleuth. Foi lançado no Japão em 21 de novembro de 2017.
Keisuke é um jovem hacker que teve sua conta do EDEN roubada. Ele se junta ao um grupo de hackers chamados Hudie para tentar achar o culpado. Digimons são usados por hackers para os mais variados trabalhos na Rede.
Atualmente, Keisuke está investigando um grupo que aprisiona e vende Digimons no mercado negro de Kowloon. Com a ajuda de seus colegas de trabalho Ryuji, Erika e Chitose, Keisuke descobre que o hacker que roubou sua conta esta envolvido com os mercadores de Digimon. Apenas das advertências de Ryuji, Keisuke se deixa levar pelas emoções e decide enfrentar o grupo sozinho.
Os hackers são fortes demais e derrotam facilmente os Digimons de Keisuke. Entretanto, os Digimons não desistem e digivolvem para proteger o domador. Ryuji e Chisote aparecem com seus próprios Digimons e ajudam Keisuke contra os hackers. A missão é concluída e os Digimons capturados são libertados pela Hudie.
Keisuke sabe que o hacker que roubou sua conta a está usando para cometer crimes e jura que irá melhorar suas habilidades de hackers e recuperar a conta.
Personagens
Keisuke Amazawa/Tentomon, Gotsumon, Betamon
Vilões
Hackers do Time Dinossauros/Tyranomon, Triceramon, Monocrhomon
Outros
Ryuji Mishima/Cyberdramon
Erika Mishima/Wormmon
Chitose Imai