A história de Digimon tem início na primeira metade dos anos 90.
Akihiro Yokoi, criador da empresa japonesa de brinquedos Wiz Company, trabalhava na criação de um brinquedo estilo V-Pet, que simulava a experiência de cuidar de um animal de estimação. Ele apresentou a ideia do brinquedo à Bandai em 1995 e conseguiu apoio da empresa para o desenvolvimento do brinquedo.
Entre os empregados da bandai que trabalhavam no V-Pet de Akihiro Yokoi estava Aki Maita. Ela foi responsável pela criação de uma série de conceitos que viriam ou não a ser utilizados no brinquedo, como a ideia do V-Pet começar pequeno e ir mudando de acordo com o modo como a criança cuidasse dele.
O V-Pet foi lançado em 1996 com o nome de Tamagotchi, sendo um enorme sucesso entre o público japonês, principalmente o feminino. Vendo que o Tamagotchi fazia mais sucesso entre meninas, a Bandai planejou novas maneiras de tornar o brinquedo um sucesso entre os meninos também. Assim foi planejado um novo modelo de Tamagotchi que pudesse lutar com outros Tamagotchi. O novo projeto foi entregue nas mãos de Takeishi Hongo e lançado em 1997 como Digital Monsters. Foi no Digital Monsters que Digimons como Agumon e Greymon surgiram. Até o ano de 1998 foram lançados 5 modelos de Digital Monsters, cada um com monstros diferentes.
Os Digital Monsters traziam 14 monstros divididos entre 5 estágios de evolução, sendo que o resultado de cada evolução dependia do modo como cada Digimon era cuidado.
Ainda em 1997 foi lançado um mangá de um capítulo chamado C'mon Digimon. Na história, um garoto chamado Kentarou Kamon deve treinar um Digimon para enfrentar um garoto que está destruindo os Digital Monsters das outras crianças. Nessa história os Digimons eram materializados no mundo humano através de máquinas de holograma 3D.
Em 1998 foi lançado um jogo eletrônico para Sega Saturn chamado Digital Monsters Ver. S, que trazia a experiência do brinquedo para a televisão com a possibilidade de cuidar de até 4 Digimons simultaneamente.
O interesse pelos Digital Monsters continuava grande então a Bandai promoveu o relançamento da linha, que agora levava o nome de Digimon Pendulum. Os novos modelos traziam novos monstros, um novo estágio de evolução e a possibilidade de unir dois Digimon compatíveis através da Evolução Jogress ou Digievolução de DNA.
Com o sucesso da nova linha, foi lançado um novo mangá, dessa vez serializado, chamado Digimon Adventure V-Tamer 01. Um garoto chamado Yagami Taichi, jogador de Digimon e grande batalhador, é enviado para o Mundo Digital com a missão de enfrentar um vírus digital e salvar o mundo, ao lado de ser parceiro Zeromaru, um Veedramon que Taichi vem cuidando há tempos.
Os direitos da obra foram adquiridos pela Toei Company, que trabalhou na criação de um anime para TV. O anime não contava a mesma história do mangá, mas utilizava o mesmo personagem principal. O anime, chamado Digimon Adventure, recebeu ganhou um mini filme que foi exibido nos cinemas japoneses antes da estreia do anime na TV em 1999. O anime foi um sucesso de audiência e acabou sendo exportado para os Estados Unidos e, de lá, para o resto do mundo, chegando ao Brasil no ano 2000 no programa infantil Bambuluá.
O sucesso do anime abriu as portas para o lançamentos dos outros produtos da franquia e de novos licenciados, gerando uma legião de fãs ao redor do mundo.