Muitos Digimon com ideais parecidos se juntam para formar grupos e defender suas visões e interesses.
Nome: BAN-TYO
Descrição: Grupo composto por cinco Digimon que adiquiriram o título de Bancho através de batalhas contra campeões ferozes. São inimigos da Brigada-D.
Membros: Bancho Leomon; Bancho Lilimon; Bancho Mamemon; Bacho Golemon; Bancho Stingmon
Membros: Neo Vamdemon; Dorbickmon; Splashmon; Zamielmon; Olegmon; Gravimon.
OBS: Apollomon é relacionado a esse grupo, mas não faz parte dele.
Nome: Time Crack
Descrição: Um grupo secreto de Digimon poderosos, criados por uma equipe desconhecida de hackers com objetivos secretos.
Membros: Chaosdramon; Giga Seadramon; Megadramon; Metal Seadramon; Metal Tyranomon; Mugendramon; Gundramon; Aegisdramon.
OBS: Há alguns Digimon que provavelmente foram criados pela mesma equipe de hackers, mas não há nada confirmado.
Descrição: Brigada formada por Digimon mecânicos do tipo Dragão. É composta por exércitos de um mesmo Digimon e enviada em missões que não podem ser reveladas ao público.
Membros: Darkdramon; Tankdramon; Sealsdramon; Comandramon.
OBS: Há um único Drakdramon na equipe, que evoluiu de um Tankdramon extremamente poderoso. Ele é usado como último recurso.
Nome: Mestres das Trevas
Descrição: Grupo maligno que planeja tomar o controle do Mundo Digital. Foram criados por Apocalymon e possuem o nível Mega.
Membros: Piemon; Mugendramon; Pinochimon; Metal Seadramon
Descrição: Quatro Digimon Feras de nível Mega que governam os quatro pontos cardeais do Mundo Digital.
Membros: Quinglongmon; Zhuqiamon; Baihumon; Xuanwumon
OBS: A fusão das quatro feras, Huanglongmon, governa o centro do Mundo Digital.
Nome: Armas Lendárias
Descrição: Um grupo de Digimon com a habilidade de se converter em armas poderosas.
Membros: Armamon; Bryweludramon; Duramon; Durandamon; Ludomon; Raiji Ludomon; Spadamon; Tia Ludomon; Zubaeagermon; Zubamon.
OBS: Há Digimon realicionados ao grupo, mas que não fazem parte dele, além de fusões com outros Digimon. No momento, nem todos os membros do grupo são conhecidos.
Nome: Doze Deuses do Olimpo
Descrição: Também chamados de Olympos XII. São doze deuses Digimon que controlam o Olympo. Gerenciam um Mundo Digital diferente do governado por Yggdrasil, chamado Iliad.
Membros: Apollomon; Bacchusmon; Ceresmon; Dianamon; Junomon; Jupitermon; Marsmon; Mercurymon; Minervamon; Neptunemon; Venusmon; Vulcanusmon.
OBS: Plutomon, Titamon e Grace Novamon são relacionados ao grupo, mas não fazem parte dele.
Descrição: Um grupo de doze Digimon Supremos baseados nos animais do Zodíaco Chinês, que obedecem às Feras Sagradas.
Membros: Vikaralamon; Kumbhiramon; Vajramon; Mihiramon; Andiramon; Majiramon; Sandiramon; Indramon; Pajiramon; Makuramon; Sinduramon; Caturamon.
Descrição: Treze cavaleiros Digimon poderosos que protegem a ordem do Mundo Digital seguindo as ordens de Yggdrasil.
Membros: Alphamon; Omegamon; Craniummon; Dukemon; Magnamon; Dynasmon; Lord Knightmon; Ulforce V-Dramon; Sleipmon; Duftmon; Examon; Gankoomon; Jesmon.
Descrição: Digimon do tipo Lorde Demônio. Não costumam interagir, cooperar ou entrar em conflito uns com os outros e habitam a Área Negra do Mundo Digital. Cada um representa um dos Sete Pecados Capitais.
Membros: Lucemon: Modo Caído; Leviamon; Demon; Belphemon: Modo Raiva; Barbamon; Beelzebumon; Lillithmon.
Descrição: Três poderosos Digimon baseados em deuses mitológicos.
Membros: Gaioumon; Kuzuhamon; Titamon.
Descrição: Três anjos Digimon que governam o Mundo Digital.
Membros: Seraphimon; Ophanimon; Cherubimon
Nome: Três Grandes Generais
Descrição: Um grupo de três poderosos Digimon que comandos os exércitos de Bagramon.
Membros: Tactimon; Lillithmon; Blastmon.
Descrição: Um grupo de Digimon pistoleiros baseados em foras da lei do Velho Oeste americano.
Membros: Magna Kidmon; Beel Starmon; Gundramon
Descrição: Dez Digimon antigos que protegiam o Digimon nos tempos passados. Cada um dos guerreiros representa um dos dez elementos do Mundo Digital. Seus dados perdidos deram origem a outros tipos de Digimon.
Membros: Ancient Greymon; Ancient Garurumon; Ancient Beatmon; Ancient Irismon; Ancient Megatheriumon; Ancient Sphinxmon; Ancient Volcamon; Ancient Mermaimon; Ancient Wisemon.
OBS: Susanoomon é relacionado ao grupo, mas não faz parte dele.
Descrição: Três Digimon de nível Mega sendo variantes Chaos de Digimon conhecidos
Membros: Chaos Greymon; Chaos Seadramon. Chaos Piemon
Nome: Quatro Grandes Dragões
Descrição: Quatro Digimon do tipo Dragão de nível Mega, baseados na lenda chinesa dos Quatro Dragões do Rei
Membros: Megidramon, Qinglongmon, Holydramon, Goddramon
Nome: Sete Códigos
Descrição: Grupo composto por sete Appmon especiais que contem a chave para libertar Dantemon.
Descrição: Grupo composto por sete Appmon especiais que contem a chave para libertar Dantemon.
Membros: Mailmon; Roleplaymon; Gomimon; Tellermon, Copipemon; Medicmon; Weathedramon
Nome: Quarteto Supremo
Descrição: Quatro poderosos Appmon de nível Supremo que servem a Leviathan.
Membros: Beautymon; Charismon; Fakemon; Biomon