Digimon World Re:Digitize Encode é um mangá de Digimon baseado no jogo Digimon World Re:Digitize Decode, de Nintendo 3DS. É continuação direta do mangá anterior Digimon World Re:Digitize. O mangá teve sua publicação iniciada em abril de 2013, mas foi encerrado em 2015 com 22 capítulos lançados e a história não foi concluída.
Após os eventos do mangá anterior, Taiga e Niko ficaram amigos de Akiho, embora não saibam quem ela é, já que a garota usa um pseudônimo e um avatar próprio. Taiga tem tido sonhos onde ele escuta uma voz estranha chamando por ele. Ao ver uma garota pequena sendo importunada por causa de seu Digimon e ver o valentão jogar o telefone do telhado da escola, Taiga escuta a voz do Digimon pedindo socorro e pula do telhado para resgatar o aparelho. Ele acaba sendo salvo por Agumon, que se materializa no Mundo Humano por um instante. Mais tarde naquele dia, ao entrar no jogo, Taiga, Niko e Akiho recebem um e-mail com um convite da empresa do jogo, a Gigo, para testar um nova versão. Ao inserir um senha especial, os três acabam sendo sugados para o Digimundo, onde os Digimon vivem e são reais.
Lá, Taiga encontra seu Agumon do jogo. Os dois são atacados por um Gabumon descontrolado e salvos pelo Gaomon de Niko. O Gabumon exalava uma aura negra, mas uma vez derrotado ele voltou ao normal. Informados por Jijimon, os dois meninos descobrem que outro humano está no Digimundo, que acaba por ser Akiho, que finalmente conhece os outros dois cara a cara. Embora Jijimon não saiba como as crianças podem voltar para o Mundo Humano, ele os diz que podem voltar se descobrirem porque foram levados para lá.
A primeira parada do grupo acaba sendo o Memorial Stela nas profundezas da floresta. Eles se perdem, mas acabam sendo resgatados por um Monzaemon descontrolado que Akiho consegue fazer voltar ao normal. O memorial protegia a florestas, mas algo aconteceu e o desligou. Taiga consegue fazer o memorial voltar ao normal, mas isso atrai um estranho Digimon sombrio que emana uma energia como a dos Digimons descontrolados, mas que não possui voz em seu coração. Trata-se de uma criatura chamada Vitium. O Vitium reconhece que Taiga possui o poder do Decodificador e tenta eliminá-lo. As crianças tentam lutar, mas seus parceiros não conseguem mais digivolver como no jogo. Niko e Akiho acabam presos e Monzaemon tenta conter o Vitium para dar tempo de Taiga escapar, já que apenas ele é quem se tornou alvo dele. Ao se ferir ao ponto de sangrar, Taiga percebe que o Digimundo não é mais um mero jogo e que precisa agir. Agumon finalmente consegue digivolver para Greymon para proteger Taiga enquanto o garoto consulta o memorial restaurado em busca de respostas. Com a ajuda de Mirei, que aparece misteriosamente, Taiga consegue retirar um pedaço de restos de dados de dentro do memorial e desestabilizar o Vitium para que Greymon o destrua, salvando os outros. Segundo Mirei, os restos de dados que Taiga retirou do memorial são um fragmento de um programa chamado Estrutura Gospel, criado para destruir os Vituims. A estrutura se fragmentou, espalhando seus restos de dados pelo Digimundo. E se as crianças quiserem destruir os Vitiums, precisam reunir todos os fragmentos nos outros Memoriais Stela, assim elas poderão ir para casa. Além disso, os Vitiums foram criados por um humano, Yakov Petrov, funcionário da Gigo e pai de Niko, que se perdeu no Digimundo há algum tempo.
Enquanto viajavam pelo deserto em busca do próximo Memorial Stela, o grupo se depara com um Dorumon, que era amigo do Digimon que guardava o memorial de lá, um Doruguremon. Doruguremon está descontrolado, mas ainda permanece junto ao memorial para protegê-lo. Na batalha para restaurar o memorial, a Piyomon de Akiho digivolve para Birdramon, mas ainda não consegue enfrentar Doruguremon de frente. O Digimon só recua quando um Veemon aparece de um portal e o ataca, dando a chance de Taiga agir. Esse Veemon pertence a Rina, uma jogadora de Digital Monster que consegue ver a batalha dos três domadores no Digimundo. Ela não entendia o que estava acontecendo, mas queria ajudar, e conseguiu que seu Veemon aparecesse lá para lutar com os outros. Vendo como Rina presencia e interfere na batalha, Mirei envia a ela um e-mail como o que mandou para o grupo de Taiga, e se ela responder corretamente, será mandada para o Digimundo.
Outro que recebeu o e-mail e acertou a senha foi Yuuya, que esteve procurando Mirei desde a batalha na arena do jogo. Como ele é herdeiro da Gigo, Mirei o alerta de que há algo estranho envolvendo a empresa. Ele a ataca, mas Mirei consegue escapar novamente e Yuuya é transportado de onde ele e Mirei estavam, e acaba encontrando Taiga e os outros. Eles estão num antigo refúgio do Professor Petrov, que abriga um Memorial Stela guardado por Andromon, que servia ao professor. Com esse memorial recuperado, as crianças conseguem gerar a Estrutura Gospel.
Enquanto as crianças decidem o que fazer a seguir, o Professor Petrov volta à Cidade do Princípio. Ele se dirige a uma Torre Negra na cidade. Ele é atacado por Digimons que vivem lá e salvo por Mirei, que o informa da presença de outros humanos no Digimundo, que podem ajudar contra os Vitium. Ela acompanha o professor, protegendo-o dos Digimons descontrolados à medida que ambos sobem a torre. Ao chegar ao último andar, eles encontram o Vitium que atacou as crianças na floresta, se recuperando da batalha.
Informados por Andromon, Taiga e os outros usam o Memorial Stela como um transportador e voltam direto para a floresta, seguindo de lá para a Cidade de Princípio, voando em Birdramon e chegando bem na hora que o Vitium acorda e ataca Mirei e o Professor. Gagomon consegue digivolver para Gaogamon, se juntando a Greymon, Bridramon, Angewomon e Lady Devimon na batalha. Até o Black War Greymon X de Yuuya finalmente se mostra para os outros e luta contra o Vitium, com Taiga ativando a Estrutura Gospel para prendê-lo enquanto todos os Digimons atacam. Mas o Vitium não é derrotado. Ele cresce, se tornando maior e mais forte, assumindo uma nova forma. Ele usa seus poderes e começa a corromper os Digimons das crianças, tornando-os negros. Apenas Taiga e Greymon resistem de pé.
Personagens
Taiga /Agumon
Nicolai "Niko" Petrov/Gaomon
Akiho Rindou/Piyomon
Mirei Mikagura/Angewomon, Lady Devimon
Rina Shinomiya/Veemon
Yuuya Kuga/Black War Greymon X
Yakov Petrov
Vilões
Vitium
