Digimon Story: Cyber Sleuth é um mangá one-shot lançado no Japão em 21 de fevereiro de 2015 na V-Jump para promover o lançamento do jogo homônimo. O mangá serve de introdução à história do jogo, assim como foi com Re:Digitize.
Takumi Aiba trabalha como investigar para a detetive Kyoko Kuremi investigando casos envolvendo o ciberespaço. Eles são contratados por algumas pessoas que tiveram suas contas do Ciberespaço EDEN roubadas. Takumi tem uma habilidade que o permite entrar fisicamente no Ciberspeço, conseguida em um incidente. Usando essa habilidade, ele vai até o espaço conhecido como Kowloon, ponto de encontro de hackers, e usa seus Digimons para ajudar a abrir caminho pela segurança do lugar. Eles são atacados por um grupo de hackers que também tem Digimons e que planeja dominar o ciberespaço.
O corpo de Takumi é metade digital, então ele não está logado numa conta quando entra no ciberespaço. Assim, os hackers falham em tentar roubar sua conta, o que lhe dá brecha para invadir e sistema de dados do esconderijos dos hackers e destruí-lo. Os Digimons de Takumi derrotam os dos hackers. Quando Takumi iria prender o grupo, uma criatura estranha aparece e os devora, liberando as contas, mas deixando o grupo com a Síndrome do EDEN no mundo real. Takumi lembra que o monstro que despareceu com os hackers é o mesmo que causou o incidente que deixou seu corpo naquele estado.
Personagens
Takumi Aiba/Agumon, Palmon, Terriermon
Kyoko Kuremi
Vilões
Grupo de hackers/Growmons, Cyclomon
Eater
