Digimon World Re;Digitize é um mangá especial de dois capítulos baseado no jogo de PSP de mesmo nome. O primeiro foi lançado no Japão em 21 de junho de 2012 e o segundo, um mês depois, como forma de promover o jogo, servindo de introdução para ele. Por conta disso, a história do mangá acaba em aberto, com gancho para os acontecimentos do jogo.
Taiga e Niko estão jogando o jogo online de Digimon quando uma falha na Rede desliga o jogo. Isso foi obra de Mirei, que hackeou os servidores da empresa responsável pelo jogo, Gigo, para investigar um estranho projeto da empresa. Quando seus Digimons, Angewomon e Lady Devimon, investigam o servidor, acabam dando de cara com o Black War Greymon de Yuuya, herdeiro da empresa, que estava de olho em Mirei para pega-la. A luta dos dois acaba invadindo o coliseu do jogo, onde o Agumon Taiga está tendo uma batalha depois que o servidor voltou ao normal. Seu desafiante é Akiho, que parece poder ouvir a voz de seu Digimon Piyomon.
Aproveitando a distração causada por Akiho e Taiga, Mirei consegue abrir uma saída pra seus Digimons fugirem, deixando o Black War Greymon para trás. Ele acaba lutando contra Piyomon e Agumon quando as crianças tentam tirar satisfação e acaba derrotando-os facilmente, mesmo quando o Gaomon de Niko se junta pra enfrenta-lo e Agumon digivolve para War Greymon. Estranhamente, War Greymon desperta como se em resposta aos apelos de Taiga e lança seu ataque Força Terra, num nível absurdamente mais forte do que o programado no jogo. Yuuya abandona a batalha e Mirai observa as quatro crianças e seu potencial, mandando um e-mail misterioso para elas.
Personagens
Taiga/Agumon
Nicolai "Niko" Petrov/Gaomon
Akiho Rindou/Piyomon
Mirei Mikagura/Angewomon, Lady Devimon
Yuuya Kuga/Black War Greymon X
Com o lançamento de Digimon World Re:Digitize Decode, o mangá ganhou uma continuação intitulada Digimon World Re:Digitize Encode, sendo o primeiro mangá de Digimon a ter sua história continuada de forma direta.