Digimon Chronicle é um complemento dos V-Pets Digimon Pendulum X que acompanhava o aparelho. O livreto continha texto em proza e partes em mangá. Cada um dos quatro modelos de Pendulum X veio com uma parte da história, mas esses pequenos capítulos não são sequenciais. A história é baseada na animação X-Evolution.
Incapaz de lidar com a super população do Digimundo e com o acontecimento de um Digital Hazard, Yggdrasill iniciou o Programa X e deu seguimento ao Projeto Arca, levando alguns Digimons escolhidos para o Novo Digimundo e suas três camadas: Ulud (Terminal do Passado), Versandi (Terminal do Presente) e Skuld (Terminal do Futuro). Os Digimons sobreviventes ao Programa X desenvolveram o Anticorpo-X.
Enquanto os Cavaleiros Reais tem viajado o Digimundo a fim de manter a ordem, três crianças humanas acabaram parando no Digmundo, onde encontraram parceiros. Kouta Domoto recebeu um Dorumon, Yuuji recebeu um Ruydamon. Os dois resistem contra os avanços de Yggdrasill, enquanto o terceiro garoto, conhecido como Garoto Legal, ficou do lado dela.
Kouta e Dorumon são perseguidos por um Okuwamon que tenta absorver o Anticorpo-X de Dorumon. Eles tentam lutar, mas Okuwamon é mais forte. Eles são salvos por War Greymon.
Kouta e Dorumon enfrentam o Cavaleiro Real Omegamon em sua forma Anticorpo-X. Quando estão prestes a ser deletados, eles são salvos pelo Cavaleiro Real Dukemon, também na forma Anticorpo-X. Em outro momento em Versandi, Dorumon digivolveu para Raptordramon e foi emboscado por uma armada de Digimons Insetos liderados por Grandis Kuwagamon. Depois de superar sua dúvidas, Kouta faz seu parceiro digivolver para Grademon.
Enquanto enfrentam vários Allomon em Ulud, mas não conseguem ativar o Digivice. Eles são salvos por Yuuji, Ruydamon. Um Ultimate Brachimon ataca e Yuuji, mesmo ferido, ativa o poder do Digivice.
Omegamon e Dukemon observam Kouta e Yuuji enfrentarem Death-X-mon em Skuld, seus parceiros agora evoluídos em Alphamon e Ouryumon. Ouryumon se torna a espada Ouryuken para Alphamon, que derrota o Death-X-mon. Após a batalha, Alphamon enfrenta Omegamon.
